Die Rechtsform einer gemeinnützigen Stiftung gewährleistet SIK-ISEA den Status eines autonomen und nicht-profitorientierten Forschungsinstituts. Finanziert wird SIK-ISEA zum einen über namhafte Beiträge der Schweizerischen Eidgenossenschaft, des Kantons und der Stadt Zürich sowie weiterer Kantone. Eine ebenso wichtige Basis bilden zum anderen kompetitiv erworbene Forschungsmittel, Dienstleistungen und Zuwendungen von Stiftungen und Mäzenen. Der Verein zur Förderung von SIK-ISEA unterstützt das Institut finanziell und ideell.
Der Hauptsitz des Instituts befindet sich in der nach Plänen von Alfred Friedrich Bluntschli 1885–1888 erbauten Villa Bleuler in Zürich. Seit 1988 unterhält SIK-ISEA eine Zweigstelle in der französischsprachigen Schweiz, die «Antenne romande» an der Universität Lausanne. Für die italienischsprachige Schweiz eröffnete das Institut 2010 im Museo Vincenzo Vela in Ligornetto ein «Ufficio di contatto», das seit 2020 im Museo d’arte della Svizzera italiana in Lugano angesiedelt ist.
Durch seine Forschungstätigkeit steht SIK-ISEA in regem Austausch mit Universitäten, Fachhochschulen, Museen und namhaften Spezialisten. Es ist Mitglied der Schweizerischen Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften (SAGW), des Schweizerischen Nationalkomitees des Internationalen Museumsrates (ICOM Schweiz) und Gründungsmitglied der International Association of Research Institutes in the History of Art (RIHA).
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